歷史上記載，澎湖的開發，早於台灣，是漢民族開拓台灣的首站，也是大陸移民來台灣的橋樑，因此澎湖海域早為海上交通要道和海上絲路貿易的中繼站。它是大陸往台灣移殖的跳板，亦為漢人經營台灣最先開拓之地。澎湖海域由於海況險惡，水下沈船不計其數。台澎地區的水下考古工作，則以1995年起，教育部委託本館主持澎湖海域古代沈船發掘案為起點，於澎湖海域內搜尋古代沈船，當年九月在澎湖望安、將軍嶼及大塭間海域，發現海床表面堆積著排列整齊的大量陶器文物，目標物疑似古沈船遺址。
　　1996年間本館復於同一地點，向海床下深掘，發現船舷板殘木及相當數量文物，因此證實確為一艘清代中期載貨的木質沈船；由於是在將軍嶼附近發現，所以命名為「將軍一號」。此為台澎海域第一艘經由正式發掘的古代沈船。經過四年於「將軍一號」沈船的水下考古發掘工作，獲致相當重大的成果，首開我國水下考古發掘工作的新紀元。水下沈船資源今日已是研究海洋文化範疇者不可不知的重要領域，本展覽展現三次水下考古的過程及學術成果，以豐富的生態展示及圖片重現海底沈船的場景，引人入勝。